La Catedral de Cuenca, posiblemente se erigió sobre la mezquita de la antigua ciudad musulmana. Se comenzó a construir bajo el patrocinio de Alfonso VIII, quien habia conquistado la ciudad apenas unos años antes. El monarca otorgó numerosas donaciones y privilegios a la catedral y también al cabildo catedralicio, el cual quedó constituido durante el reinado, siendo Juan Yañez su primer obispo. En 1183, a iniciativa de la reina Leonor de Plantegenet, se comienza a edificar, consagrándose en 1208.
En lo que se refiere a su evolución constructiva se advierten tres etapas diferentes.
La primera se produce durante finales del siglo XII y principios del XIII (1190-1220, concretamente) y, es la que se corresponde con la cabecera y el transepto. La planta inicial constaba de 5 naves paralelas y de otra transversal. Las longitudinales terminaban en ábsides, siendo el de la central el mas amplio y profundo (actual Capilla Mayor), ya que desde un principio es donde se colocó el coro.
La nave central está cubierta con bóvedas sexpartitas (gótico primitivo), mientras que las laterales con cuatripartitas. En el tramo central del crucero tenemos el cimborrio. Está formado por una gran torre octogonal oculta por una bóveda de ocho paños con ojo en el centro. Esta es la llamada Torre del Angel, debido a que estaba rematada con una veleta con forma de ángel que hacia sonar una trompeta.
Se ignora quien pudo ser el maestro de esta primera traza, aunque se ha pensado en una pequeña comunidad cisterciense originaria de Francia y que conocía perfectamente las catedrales que se estaban construyendo en Normandía y en la Isla de Francia.
La unión entre esta fase constructiva y la siguiente queda patente en dos tramos de las dos naves laterales. Dos estudiosos del tema aportan teorías distintas al respecto. Lampérez afiram que el único ábside que sobresalía de los demás era el central, mientras que Lambert opina que todos estarían escalonados.
La segunda fase se inicia en el segundo cuarto del siglo XIII y en ella se construyó el cuerpo de las naves. Para evitar la ruptura con la etapa anterior se cubre también la nave central con bóvedas sexpartitas y las laterales con cuatripartitas. Presenta como principales novedades el triforio y los arbotantes. En la actualidad, aunque quedan restos de casi todos los arbotantes, tan solo se conserva uno completo en el lado norte. Un triforio es un pasillo estrecho que corre sobre las naves laterales comunicándose con la central por medio de una galería. Sobre ella se encuentran las ventanas o el claristorio. Pero en este triforio no se produce la típica separación en tres pisos en arquerías, galería o tribuna y ventanales o clasistorio. Debido a la escasez de altura se coloca la estrecha tribuna delante de las ventanas. Rosetones constituyen el ventanal, correspondidos con circulos sujetos por arcos trilobulados y éstos a su vez, por ángeles que portan símbolos alusivosa la Pasión. El espacio entre esta tracería y el muro realmente no es una galería, tan solo un pasillo estrecho cuya única utilidad es la vigilancia y la limpieza del mismo.
Por lo tanto, es un falso triforio o pseudotriforio por estar al mismo nivel tribuna y ventanas y por no tratarse de una galería, ya que ésta es demasiado estrecha.
La tercera fase de la construcción de la Catedral de Cuenca se produce a mediados del s. XV y su principal logro es la doble girola que sustituyó a los primitivos 4 absides laterales. Para realizarla se tomó como prototipo a la catedral de Toledo y por lógica, debieron intervenir el maestro Hanequin de Bruselas, que estaba introduciendo en Toledo las formas flamígeras, y su hermano Egas Cueman.
Esta doble girola se resuelve alternando tramos rectangulares y triangulares. Presenta una gran diversidad de bóvedas, desde las más sencillas, de planta triangular y sin nervio allguno, hasta las más complejas que dibujan estrellas encadenadas. Se concluyó a principios del siglo XVI bajo las órdenes del maestro Cristobal Florez.